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蛋白质谱分析方法是蛋白质及生物大分子研究中的一种重要分析方法。该仪器不仅可以检测蛋白质多肽的分子量和氨基酸序列，而且可以发现蛋白质的结合部位和翻译后修饰情况。在过去的20年中，对蛋白质组学的研究极大地促进了质谱检测技术的发展。质谱仪的各项技术进步，使其在准确度、分辨率、灵敏度、定量分析能力等各个方面都取得了很大的进展，相应地，蛋白质组质谱检测策略也取得了新的突破。
质谱是将待测物质转变为气体离子，按质荷比分离离子，检测离子谱各峰峰的强度，从而实现分析的一种方法。通过质谱分析与数据库检索相结合的方法对蛋白质进行定性，分析的样品可以是蛋白质溶液、蛋白粘结剂或粘结剂。通常可以用MALDI-TOF/TOF质谱(ms/ms)分析蛋白质样品，如双向电泳的斑点或纯化的蛋白质。通常可以利用液相色谱-质谱联用(lc-ms/ms)技术来分析混合蛋白样品，如蛋白溶液或sds-page条带。亚细胞组分的全谱分析，适用于IP-ip,pull-down后互作蛋白的鉴定，以及其它一些中等复杂蛋白样品的鉴定。
序列质谱(ms/ms)的蛋白质鉴别原理
先用胰酶消化蛋白质，将其转化为肽段，用质谱计电离肽段，带上一定量的电荷，通过检测器分析得到各肽段的质荷比，从而了解各肽段的相对分子量。为了得到肽段的序列信息，质谱仪选择部分肽段破碎，再进行二次分析，得到二次质谱。利用检索软件选择相应的数据库对质谱数据进行分析，同时对鉴定结果进行评定，评定结果超过某一阈值即判定为成功，否则判定为失败。
蛋白质谱鉴定的技术优势
利用高效液相色谱法和质谱联用技术，可一次鉴定出成百上千种蛋白质。
2.具有较高的准确性和敏感性。
蛋白质谱鉴定程序
蛋白样本制备-蛋白酶解-串联质谱(或lc-ms\/ms分析)-数据库检索-蛋白鉴定。
质量分析技术、计算技术和蛋白质组学在疾病诊断和药物设计等与人类健康密切相关的领域中，一定会发挥更出色的作用。
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